牡丹苗整形修剪要保证植株均衡适当的枝条和均匀漂亮的株型为标准，使植株地上与地下不区分生长发育平衡，从而做到花芽充实圆润饱满花繁叶茂的效果。

其重要之处是按时拿芽，即选留几枝生长发育健硕、分布合理的枝条当做全株的主干，将太密的牡丹苗细枝、重合交叉枝及病弱枝除去，可在当中的萌芽中选留1～2各分布合理、生长发育健硕者，着重培养以逐渐取代生长发育势渐弱的老枝干，其余的牡丹苗萌芽均可除去。