1、白绢病。这种病虫害一般都是发生在冬季，通过雨水进行传播，在发病初期，牡丹苗的根部表层会变成褐色，并在病部产生白色绢丝状的菌丝，菌丝作扇开扩展，蔓延至附近的土表上，以后在病苗的基部表面或土表的菌丝层上形成油菜籽状的茶褐色菌核。苗木发病后，茎基部及根部皮层腐烂，植株的水分和养分的输送被阴断，叶片变黄枯萎，全株枯死。

2、紫纹羽病。这种病主要伤害的是油用牡丹苗的根部以及根茎部位，也是发生在冬季，这些病虫细菌依附着牡丹过冬，在发病初期，首先幼嫩根受侵染，逐渐扩展至侧根、主根及根颈部，发病初期在病部出现黄褐色湿腐状，严重时变为深紫色或黑色，病根表层产生一层似棉絮状的菌丝体，后期病根表层完全腐烂，与木质部分离。

3、根腐病。这是对牡丹苗伤害大的一种根部病害，主要危害的就是牡丹苗的根部，它主要是依附在牡丹根部上或者进入土壤中过冬，在发病初期，支根和须根染病根变黑腐烂。且向主根扩展。主根染病初在根皮上产生不规则黑斑，且不断扩展，致大部分根变黑，向木质部扩展，造成全部根腐烂，病株生长衰弱，叶小发黄，植株萎蔫直至枯死。